Jestliže máte logickou část s operačním systémem Linux, která používá prostředky z logické části s operačním systémem i5/OS, jsou v operačním systému i5/OS k dispozici nástroje pro zálohování a obnovu. K uložení a obnově celého virtuálního disku v jeho aktuálním stavu můžete použít příkazy SAV (Uložení) a RST (Obnova).
Příkaz SAV ukládá adresář, který má stejné jméno jako virtuální disk, do adresáře QFPNWSSTG v integrovaném systému souborů. Tato metoda zálohování a obnovy je nejefektivnější, je-li jádro operačního systému Linux uloženo ve spouštěcí části PReP (PowerPC Reference Platform) na virtuálním disku. U většiny distribucí operačního systému Linux se jedná o běžnou součást předvolené instalace.
Zálohování prostřednictvím příkazů operačního systému i5/OS je na úrovni zařízení. To znamená, že operační systém i5/OS zálohuje obsah celého virtuálního disku nebo paměťového prostoru síťového serveru, nikoliv obsah jednotlivých souborů. Tudíž příkaz SAV zálohuje na jednotku veškeré informace (včetně kernelu) ve spouštěcí části PReP.
Jestliže uložíte jádro operačního systému Linux nacházející se v logické části PReP, můžete logickou část obnovit a spustit po kompletní reinstalaci systému.Můžete též přenést a obnovit uložené virtuální disky na jiné servery IBM System i5 a eServer i5 prostřednictvím protokolu FTP a pásky.