Ak máte logický oddiel systému Linux používajúci prostriedky z oddielu systému i5/OS, v systéme i5/OS sú dostupné nástroje na zálohovanie a obnovu. Na uloženie a obnovu celých virtuálnych diskov do ich súčasného stavu môžete použiť príkazy riadiaceho jazyka (CL) SAV (Save) a RST (Restore).
Príkaz SAV uloží adresár, ktorý má rovnaký názov ako virtuálny disk pod adresárom QFPNWSSTG v integrovanom súborovom systéme. Táto metóda zálohovania a obnovy je najefektívnejšia, ak je jadro systému Linux uložené v spúšťacom oddiele PowerPC Reference Platform (PReP) na virtuálnom disku. Vo väčšine distribúcií systému Linux sa toto zvyčajne vykoná v rámci predvolenej inštalácie.
Zálohovanie pomocou príkazov systému i5/OS je na úrovni jednotky. Znamená to, že systém i5/OS zálohuje celý obsah virtuálneho disku alebo sieťového úložného priestoru namiesto jednotlivých súborov. Správny príkaz SAV takto zálohuje všetky informácie na jednotke, vrátane jadra v spúšťacom oddiele PReP.
Ak uložíte jadro systému Linux do oddielu PReP, po celkovom preinštalovaní systému môžete oddiel obnoviť a spustiť. Môžete tiež presunúť a obnoviť uložené virtuálne disky do iných serverov IBM System i5 a eServer i5 pomocou protokolu FTP (File Transfer Protocol) a pásky.